Gaussian 과 HyperChem을 이용한 형광을 내는 단백질에 대한 분석

소개글

계산화학과 분자 시뮬레이션에 이용되는 Gaussian과 Hyperchem프로그램으로 형광을 내는 단백질의 스펙트럼과 분자 오비탈을 봄으로서 이들 단백질의 특성을 확인하여 본다.

목차

1. 실험 제목
2. 실험 날짜.
3. 실험 목적.
4. 배경 지식.
-1)아미노산
-2)형광을 내는 특이한 아미노산들
-3)UV_VIs Spectrum
5. 실험 과정
6. 실험 결과
7. 결과 분석
8. Reference

본문내용

1. 실험 제목 : 벤젠고리를 가진 아미노산들의 UV Spectrum의 측정과 비교.
3. 실험 날짜 : 2008년 9월 22일 – 2008년 10월 13일
4. 실험 목적 :
Hyperchem과 Gaussian프로그램을 이용하여서, 실제의 현상들을 설명하여 보거나 새로운 현상을 예측하여 본다. 위의 주제에서는 방향성을 가지는 아미노산들의 UV-spectrum이 어떻게 나오는지 시뮬레이션을 통해서 얻어보고 실제의 데이터와의 비교를 하여본다.

5. 배경 지식 :
아미노산-
아미노산은 한 분자 안에 아미노기와 카르복시기를 모두 가지는 유기 화합물을 일컫는다. 아미노기와 카르복시기가 모두 같은 탄소원자에 붙어서 아미노산을 형성하게 된다. 분자식은 R-CHNH2-COOH로 이루어진 분자이다. 가장 처음 발견된 아미노산은 아스파라긴으로 1806년 프랑스 과학자 보클랭과 로비케가 아스파라거스의 싹에서 새로운 결정을 분리시켜 얻었다. 이후 약 100년에 걸쳐서 22가지의 아미노산이 발견이 되었고, 현재 약 80종류의 아미노산이 밝혀져 있다. R기의 치환에 의해 다양한 아미노산이 만들어 질 수 있지만, 우리에게 가장 중요한 아미노산들은 생물을 구성하는 아미노산들이 된다. 과학자들은 생물에서 가장 발견빈도가 높은 단백질 20가지를 따로 분류하였다.
특이한 아미노산들.
생물체에서 주로 발견되는 아미노산 중, 특별히 벤젠고리를 가지고 있는 형태의 아미노산이 존재한다. Tryptophan, Phenylalanine, Tyrosine이 그것들이다. 다른 단백질들과는 달리 벤젠의 공명구조를 가지고 있다. 일반적으로 다른 단백질들의 UV/Vis spectrum의 강도는 매우 약하거나 작아서 확인이 되지 않지만, 이들 세 아미노산들은 벤젠 고리의 공명구조를 가지고 있기 때문에 UV/Vis spectrum에서 몇 개의 피크를 나타냄을 알 수 있다.

참고 자료

Principles of Modern Chemistry SIXTH EDITION – OXTOBY GILLIS CAMPION
http://webbook.nist.gov/chemistry/name-ser.html(각 분자의 UV/Vis Spectrum 확인가능)
www.nersc.gov/nusers/resources/software/apps/chemistry/gaussian/g98/index.htm(Gaussian 98W Manual)