Molecular Modeling Using Chem3D
- 최초 등록일
- 2008.12.14
- 최종 저작일
- 2008.05
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소개글
Chem3D 프로그램을 사용하여 ethane, butane의 구조를 그린 후 15 씩 돌려 각각의 각도에서 minimize energy를 구해본다. 이것을 통해 어느 구조가 가장 안정한지 알아본다. 또한 methylcyclohexane의 axial, equatorial 두 가지 구조를 그려보고 각각의 minimize energy를 구해 △H를 계산한다.
목차
1. Abstract
2. Introduction
3. Experimental method
4. Result
5. Discussion
6. Conclusion
7. Reference
본문내용
* Chem3D 사용법
(1) 분자모형 그리기
① File 메뉴에서 New Model을 선택하면, 새 창이 뜬다.
② Text Building 도구를 선택 후 창을 클릭하면 텍스트 박스가 뜨는데, 이곳에 분자식을 입력한다. (예: ethane이면 C2H6)
③ 분자 모형이 ball-and-stick model로 나타난다.
(2) minimize energy 구하기
① Object 메뉴의 Show Serial Number에서 Show를 선택한다.
② MM2 메뉴에서 Minimize Energy를 선택하면 창이 뜬다.
③ 기본 설정을 그대로 두고, Run 버튼을 클릭한다.
④ 메시지 컨트롤러에서 확장 버튼을 클릭하면 Total steric energy값을 볼 수 있다.
(3) 각 돌리기
① 이면각을 형성하는 원자들을 선택한다. Shift키를 누르고 순서대로 클릭한다.
② Object 메뉴에서 Set dihedral angle을 선택한다.
③ Measurements 테이블에서 Optimal 칸에 원하는 각도를 입력한다.
④ MM2 메뉴에서 Minimize energy를 선택하여, 창이 뜨면 Run버튼을 클릭한다.
⑤ 설정한 각도에서의 에너지를 알 수 있다.
* Butane의 conformation
butane은 3가지 형태가 있는데, 두 메틸기가 서로 반대방향을 향하고 있는 anti형태, 두 메틸기가 60˚를 이루고 있는 gauche형태, 메틸기가 가려져 있는 eclipsed형태가 있다. 이 때 특별히 0˚에서의 형태를 두 메틸기가 완전히 가려져 있다고 해서 totally eclipsed형태라 한다.
참고 자료
* organic chemistry 4th ed., Brown Foote Iverson
* Physical Chemistry, 4th Ed. Alberty, Silbey, and Bawendi
* Physical chemistry 7th Ed. Atkins, Peter, Oxford