primer design

소개글

primer design의 정의와 방법에 대해서 조사하였습니다.

목차

1. Primer 기본정의
1) Primer의 3’ terminal sequence
2) Primer의 secondary structure 형성
3)Primer length
4) GC content

본문내용

primer design
1. Primer 기본정의
Template DNA 가운데 선택적으로 증폭시키고자 하는 target DNA 단편의 양쪽 끝에서 약 20bp내외의 염기서열에 대응하는 oligonucleotide입니다. Template DNA가운데 원하고자 하는 부분의 염기서열에 정확히 대응하기 위해서 primer의 염기서열 제작 시 여러 가지 고려를 해야 합니다.
1) Primer의 3’ terminal sequence
5’ terminal sequence는 annealing에 그다지 중요한 역할을 하지 않지만 3’ terminal sequence는 PCR product가 extension하는 부위이기 때문에 PCR의 sensitivity와 specificity에 중요한 역할을 한다. 3개 이상의 G or C은 비특이적인 중폭을 야기하기 때문에 피하는 것이 좋다.
또한 3’ terminal에 thymidine이 위치하는 것 역시 피하는 것이 좋다. 왜냐하면 thymidine은 올바르지 못한 다른 염기와의 mispairing 가능성이 높기 때문이다.
primer-primer dimer를 형성 가능성이 있기 때문에 서로 다른 primer의 3’ terminal sequence간 complementarity 가능성도 고려해야 한다.

참고 자료

없음