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[미생물유전체]미생물 유전체

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최초 등록일
2005.11.21
최종 저작일
2005.11
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소개글

미생물 유전체

목차

I. 미생물의 다양성 지구는 미생물의 행성
II. 미생물 연구의 새 흐름 분자생물학에서 유전체학으로
II. 미생물 유전체 연구 방법 자동화, 대형화, 속도화
III. 국내외 미생물 유전체 연구 동향
IV. 결어 미생물 유전체 연구를 국가 대형사업으로

본문내용

국가의 주인을 국민이라고 한다면, 지구의 주인은 미생물이라고 할 수 있다 [1]. 미생물은 지구 생물총량의 60%나 차지한다. 또한 미생물은 그들 사이에 또는 식물, 동물 등 다른 생물군과 다양한 관계를 맺으며 지구의 생태계를 떠받치고 있다. 한 예로 우리 몸에는 세포 수 만큼이나 많은 수의 미생물이 서식하며 우리 몸의 정상적인 기능을 돕고 있다.

38억년이라는 지구의 나이 대부분에 해당하는 오랜 기간 동안 번성하면서, 미생물은 어떤 환경조건에서도 생존할 수 있도록 다양하게 진화해왔다 [그림 1]. 따라서 미생물은 극한 환경을 포함한 지구상의 어떤 서식지에서도 적응하여 그 종류 뿐만 아니라 그들이 가지고 있는 유전자 또한 다양하여, 어떤 화학반응도 가능한 효율 높은 작은 화학공장인 것이다.


그림 1. 생명나무의 예로 본 미생물의 다양성. 미생물에는 세균 (bacteria)과 고세균 (archaea)뿐만 아니라 진균와 일부 하등 동식물과 같은 진핵생물 (eukarya)도 포함된다. 위 그림은 small subunit ribosomal RNA 유전자의 염기서열을 이용하여 만든 계통수임.


II. 미생물 연구의 새 흐름 분자생물학에서 유전체학으로

새 천년에 들어 인류는 산업혁명 (industrial revolution)에 이어 컴퓨터-인터넷과 생물학을 중심으로 하는 정보혁명 (information revolution)과 게놈혁명 (genome revolution) 또는 진화혁명 (evolutionary revolution)에 진입하고 있다. 따라서 생명과학 연구는 이전에 몇 개의 유전자를 대상으로 해서 소수의 생물학 연구자가 자기 실험실에 박혀 연구하던 분자생물학의 시대를 벗어나 분야가 다른 여러 연구자가 연합하여 많은 수의 유전자를 한꺼번에 연구함으로써 개체 단위의 연구를 가능케 하는 시스템생물학 (systems biology) 체제로 바뀌고 있다 [그림 2]. 미국의 경우 십 수년 전부터 국책과제로 천문학적인 자금을 투자하여 새 천년의 보고라고 하는 게놈 (genome)과 프로테옴 (proteome) 연구 중심의 생물학의 이러한 변화를 주도하고 있다.

미생물 게놈은 그 크기가 0.5-10백만 염기쌍 정도로 고등생물에 비해 1/100-1/1000 밖에 되지 않아 상대적으로 다루기 쉽고, 연구비용이 적게 든다는 장점이 있다.

참고 자료

1. MicrobeWorld (http://www.microbeworld.org/)

2. S-Star.org (http://s-star.org/main.htm)

3. Frangeul L, Nelson KE, Buchrieser C, Danchin A, Glaser P, Kunst F. 1999. Cloning and assembly strategies in microbial genome projects. Microbiology 145:2625-2634

4. Kim UJ, Shizuya H, de Jong PJ, Birren B, Simon MI. 1992. Stable propagation of cosmid sized human DNA inserts in an F factor based vector. Nucleic Acids Res 20:1083-1085

5. Shizuya H, Birren B, Kim UJ, Mancino V, Slepak T, Tachiiri Y, Simon M. 1992. Cloning and stable maintenance of 300-kilobase-pair fragments of human DNA in Escherichia coli using an F-factor-based vector. Proc Natl Acad Sci USA 89:8794-8797

6. Pevzner PA, Tang H, Waterman MS. 2001. An Eulerian path approach to DNA fragment assembly. Proc Natl Acad Sci USA 98:9748-9753

7. Delcher AL, Harmon D, Kasif S, White O, Salzberg SL. 1999. Improved microbial gene identification with GLIMMER. Nucleic Acids Res 27:4636-4641

8. Hensel M, Shea JE, Gleeson C, Jones MD, Dalton E, Holden DW. 1995. Simultaneous identification of bacterial virulence genes by negative selection. Science 269:400-403

9. Lockhart DJ, Winzeler EA. 2000. Genomics, gene expression and DNA arrays. Nature 405:827-836; Lucchini S, Thompson A, Hinton JC. 2001. Microarrays for microbiologists. Microbiology 147:1403-1414

10. Rainey PB, Preston GM. 2000. In vivo expression technology strategies: valuable tools for biotechnology. Curr Opin Biotechnol 11:440-444

11. Washburn MP, Yates JR 3rd. 2000. Analysis of the microbial proteome. Curr Opin Microbiol 3:292-297

12. Burley SK, Almo SC, Bonanno JB, Capel M, Chance MR, Gaasterland T, Lin D, Sali A, Studier FW, Swaminathan S. 1999. Structural genomics: beyond the human genome project. Nat Genet 23:151-157

13. Uetz P, Giot L, Cagney G, Mansfield TA, Judson RS, Knight JR, Lockshon D, Narayan V, Srinivasan M, Pochart P, et al. 2000. A comprehensive analysis of protein-protein interactions in Saccharomyces cerevisiae. Nature 403:623-627; Ito T, Chiba T, Ozawa R, Yoshida M, Hattori M, Sakaki Y. 2001. A comprehensive two-hybrid analysis to explore the yeast protein interactome. Proc Natl Acad Sci USA 98:4569-4574

14. The Institute for Genomic Research (http://www.tigr.org/)

15. Fleischmann RD, Adams MD, White O, Clayton RA, Kirkness EF, Kerlavage AR, Bult CJ, Tomb JF, Dougherty BA, Merrick JM, et al. 1995. Whole-genome random sequencing and assembly of Haemophilus influenzae Rd. Science 269:496-512.

16. GOLD™ database, Integrated Genomics, Inc. (http://wit.integratedgenomics.com/GOLD/); Entrez Microbial Genomes database (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/PMGifs/Genomes/micr.html);
TIGR microbial database (http://www.tigr.org/tdb/mdb/mdbcomplete.html)

17. Nelson KE, Paulsen IT, Heidelberg JF, Fraser CM. 2000. Status of genome projects for nonpathogenic bacteria and archaea. Nat Biotechnol 18:1049-1054

18. Microbial Genome Program, US Department of Energy (http://www.ornl.gov/microbialgenomes/)

19. DOE JGI Microbial Genomics (http://www.jgi.doe.gov/JGI_microbial/html/index.html); Fox JL. 2000. DOE Joint Genome Institute feat: one-day sequencing of E. faecium. ASM News 66:388

20. DOE JGI Microbial Genomics (http://www.jgi.doe.gov/JGI_microbial/html/index.html); Fox JL. 2001. Microbial genomics reuniting with microbiology. ASM News 67:247-252

21. Ross-Macdonald P, Coelho PS, Roemer T, Agarwal S, Kumar A, Jansen R, Cheung KH, Sheehan A, Symoniatis D, Umansky L, et al. 1999. Large-scale analysis of the yeast genome by transposon tagging and gene disruption. Nature 402:413-418

22. Riley M, Serres MH. 2000. Interim report on genomics of Escherichia coli. Annu Rev Microbiol 54:341-411; Mori H, Isono K, Horiuchi T, Miki T. 2000. Functional genomics of Escherichia coli in Japan. Res Microbiol 151:121-128

23. Ogasawara N. 2000. Systematic function analysis of Bacillus subtilis genes. Res Microbiol 151:129-134

24. DOE Microbial Cell Project (http://microbialcellpr

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