6주차_plasmid DNA miniprep

목차

I. Purpose

II. Theory
1. Plasmid DNA
2. Plasmid DNA extraction
3. Alkaline lysis method (Resuspension, Lysis, Neutralization)
4. Purification of plasmid DNA

III. Apparatus/reagent

IV. Procedure
1. Plamid DNA Miniprep
2. Agarose Gel Electrophoresis
3. Nucleogen Plasmid Mini Kit Protocol

V. Data&Results

VI. Discussion

본문내용

Purpose: Alkaline lysis method를 이용해 E.coli로부터 plasmid DNA를 추출한다.

Theory
1. Plasmid DNA
bacteria에는 genomic DNA와 plasmid DNA가 존재한다. 그 중 plasmid DNA는 extrachromosomal DNA로, genomic DNA와 달리 자체 적으로 복제 가능한 복제기점을 갖는다. 또한, genomic DNA와 달리 plasmid DNA는 생존에 필 수적이지 않은 정보를 갖고 있다. 예를 들어, Plasmid DNA에는 antibiotic resistance gene과 같 은 selective marker가 존재한다. 이를 이용하면 antibiotic이 포함된 plate로 cell-selection을 해서 유전자 발현 여부를 조사할 수 있다. 따라서, plasmid DNA transformation에 성공한 cell만을 선택적으로 배양, 회수하면 plasmid를 성공적 으로 획득할 수 있다. Plasmid DNA는 super coiled DNA이므로 유전자 분리, 조작, cloning과 같 은 유전 공학에 쉽게 활용될 수 있다. 또한, pH 변화에 따른 DNA 구조 변화가 genomic DNA 보다 적고 복원이 쉽기 때문에 쉽게 분리, 조작할 수 있다는 장점을 갖는다.

2. Plasmid DNA extraction
Plasmid DNA를 활용하기 위해서는 준비과정으로써 extraction이 필요하다. 이러한 과정을 prep이라고 하며, plasmid DNA의 추출양에 따라서 mini, midi, maxi prep으로 나눌 수 있다. Mini prep은 20μg까지 추출할 때, midi prep은 50-100μg을 추출할 때 사용되며, maxi prep은 최대 1mg을 추출할 때 사용한다. bacteria에 존재하는 Genomic DNA로부터 plasmid DNA를 선택적으로 분리할 때, 크기와 모양 차이를 이용한다.

참고 자료

Jeremy M.Berg, Biochemistry, 8th, W. H. Freeman, 2015, pp613-620
B. Alberts, Molecular Biology of the Cell, 6th , Garland Science, 2014, pp1021-1030