응용미생물학 정리 Microbial genomics

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Genomics
: mapping, sequencing, analyzing and comparing genomes
- 모든 genomic sequencing project는 shotgun sequencing 사용, PacBio RS2 + Illumina seq
- Pacific bioscience: read length가 길지만 error rate 높음, 먼저 사용 후 Illumina Hiseq/Miseq으로 보정
Annotation: raw sequence data의 전체 genome에서의 위치, 역할을 분석하는 것
Functional ORF(open reading frame): 하나의 protein을 encoding하는 영역
Hypothetical proteins
: 존재는 하지만 어떤 기능인지 밝히지 못한 ORF에 의해 발현되는 가상의 단백질

Genome 내에 총 ORF의 양이 증가할 때 기능별 ORF의 비율 변화
→ Transcription, signal transduction 증가 (genome이 커질수록 정밀한 발현 조절이 필요)
→ Energy generation 큰 변화 없음, 약간 증가
→ DNA replication, Translation 감소 (genome이 작아도 일정 이상의 양은 필수적)

기능을 알 수 없는 ORFs, hypothetical proteins
특정 ORF에서 발현된 protein의 기능이 무엇인지를 알아내기 위해서는 직접 다양한 환경에서 화학반응을 일으켜보는 테스트 과정을 거쳐야 한다. 따라서 하나의 단백질의 기능을 알아내는 데에는 오랜 시간의 연구가 필요하며 새로운 구조의 단백질을 발견하게 되면 또 다시 개별적인 연구가 진행되어야 한다. 이러한 번거로움 탓에 아직 기능이 밝혀진 ORF sequence data가 충분하지 않고 발전하는 sequencing 기술에 의해 많은 유전자들의 염기서열 정보가 쌓이고 있으나 대부분 그 기능을 유추하지 못하고 있다.

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