PCR에 쓰이는 재료

소개글

생명공학 전공 수업시간 중
1. Template DNA: 선택하여 증폭하고자 하는 Target DNA 단편을 말하며, 세포내의
2. 프라이머(primer): 단일가닥 DNA. 올리고뉴클레오티드로 표적 DNA의 3’ 말단과 5’ 말단
3. DNA 중합효소(DNA polymerase): 초기에는 중합효소로 대장균의 DNA polymerase Ⅰ을
4. dNTP(deoxynucleotide tiphosphate): product의 재료가 되는 monomer. dATP, dCTP,
5. PCR buffer

에 대해 조사한 레포트 입니다. 추가적으로 Taq polymerase의 설명 및 단점을 조사하였고, PCR 단계의 온도설정 계산법 및 팁을 기술하였습니다.

목차

1. Template DNA: 선택하여 증폭하고자 하는 Target DNA 단편을 말하며, 세포내의
2. 프라이머(primer): 단일가닥 DNA. 올리고뉴클레오티드로 표적 DNA의 3’ 말단과 5’ 말단
3. DNA 중합효소(DNA polymerase): 초기에는 중합효소로 대장균의 DNA polymerase Ⅰ을
4. dNTP(deoxynucleotide tiphosphate): product의 재료가 되는 monomer. dATP, dCTP,
5. PCR buffer

본문내용

-Template DNA: 선택하여 증폭하고자 하는 Target DNA 단편을 말하며, 세포내의 chromosomal DNA나 전염성 병원체의 DNA 또는 RNA로부터 제조한 cDNA나 Plasmid DNA등을 쓸 수 있다.


-프라이머(primer): 단일가닥 DNA. 올리고뉴클레오티드로 표적 DNA의 3’ 말단과 5’ 말단에 상보적인 것 두개가 필요하다. Template DNA 가운데 선택적으로 증폭시키고자 하는 target DNA 단편의 양쪽 끝에서 안쪽으로 약 20bp 내외의 염기서열에 대응하는 oligonucleotide를 DNA 합성기로 합성하여 이용한다.
primer를 구성하는 염기들의 조합은 primer들 마다 다르기 때문에 Annealing 단계에서의 온도 또한 다르게 설정해줘야 한다. 여기서 온도 설정의 기준이 되는 식은 보통 Tm = 4*(G+C)+2*(A+T)으로 이 식에 맞춰 온도를 설정한다. 하지만 이렇게 할 경우 온도가 지나치게 낮거나 높을 경우가 있는데 보통은 이러한 일이 없도록 애초에 primer를 50℃~65℃의 온도가 나올 수 있도록 설계하는 것이 보통이다. 이 때 F-primer와 R-primer 간의 온도 차가 생길 수 있는데 이럴 땐 낮은 온도의 primer를 기준으로 약 5℃정도 낮은 온도로 PCR을 수행하고 원치 않는 다른 밴드들이 생성되면 2℃씩 올려주는 것이 바람직하다.

참고 자료

핵심유전학 제6판, William S. Klug, 바이오사이언스, 2010, pp.422~423
유전학원론 제4판, D. Peter Snustad, 월드사이언스, 2008, pp.428