합성생물학레포트(E.coli와codon)

소개글

E.coli 여분의 codon들을 다른 codon으로 바꿔주고, 그 여분의 codon들이 새로운 unnatural amino acid의 codon으로 지정되어진다. 이때 이러한 개조작업은 왜 필요한지, 이러한 과정을 통해 어떤 효과를 얻을 수 있는지에 대해 알아보자.

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본문내용

새롭게 결정된 유전체에서 일반적으로 확인되는 최초의 특징은 해독틀(open reading frames; ORFs)이다. ORFs는 한 개체의 기지 유전자에 관한 수종의 성질을 분석함으로서 확인된다. ORF가 무엇인지, ORF가 아닌 것이 무엇인지에 대한 확고한 법칙은 없다고 한다. 먼저 ORF의 길이는 기지의 유전자를 기준으로 평가한다. 만약 가장 짧은 기지의 유전자가 100개의 아미노산 길이에 해당된다면, 이보다 짧은 ORFs는 고려의 대상에서 제외될 수 있으며, 몇 개의 잠재적인 ORFs가 그 기준에 적합한지를 결정하기 위해서, 수종의 상이한 보다 짧은 길이의 ORFs도 고려될 수 있다.

예를 들어, 효모에서는 100개 이하의 아미노산으로 구성된 ORF가 100,000개 이상이 존재 한다. 이런 것들이 너무 많이 존재하기 때문에 분석 시에는 일반적으로 제외된다. 그리고 ORF에 포함되어 있는 코돈의 사용빈도를 조사하는데, 이 경우 유전암호는 여분(redundant)이 존재함을 기억해둘 필요가 있다. 상이한 생물은 각각 특이한 코돈을 선호하는 경향을 가지고 있다. 기지의 유전자로부터 얻은 정보를 이용하여, 코돈 선호도를 결정할 수 있으며, 동시에 어떤 ORF가 코돈 선호도에 적합한지를 예측할 수 있다. 유전자산물을 코드하는 ORF중에는 이러한 것이 많이 존재한다.

참고 자료

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