[서강대학교 현대생물학 실험레포트] DNA isolation & genotyping

소개글

DNA isolation & genotyping에 대한 서강대학교 현대생물학 실험레포트입니다.

목차

1. Abstract
2. Introduction
3. Materials & Methods
4. Discussion

본문내용

이번 실험은 진핵 생물의 DNA를 분리하여 PCR을 이용해서 genotype을 분석하는 것이었다. sample tissue로 plant tissue를 사용하였는데 그 plant는 Arabidopsis thaliana(애기장대풀)로 genotyping에 유리한 특성을 지니고 있다. grinding in liquid nitrogen으로 세포벽을 제거하고 CTAB buffer, β-mercaptoethanol 등을 이용하여 세포 내 구성요소와 DNA를 분리하고 나서 DNA의 분해를 방지하기 위해 TE buffer를 첨가하였다.

<중 략>

이 효소가 발견되기 전에는 Klenow enzyme을 이용하여 매 cycle마다 효소를 첨가해 주면서 반응을 시켜야만 했으나, 이 효소를 사용하면 그럴 필요가 없다. dNTP(deoxynucleotide triphosphate)는 항상 dATP, dCTP, dGTP, dTTP를 동일 농도로 사용해야 하는데, 이는 dNTP mixture의 불균형은 Taq polymerase의 fidelity를 감소시켜 error rate가 증가될 수 있다. 또한 dNTP stock은 thawing/freezing에 민감하여 3~5차례만 반복하여도 활성이 감소하여 올바른 결과를 기대할 수 없다.

<중 략>

<Figure 4>에서 band가 나타나지 않았다는 것은 electrophoresis상의 문제보다는 PCR product 생성 유무의 문제일 것이다. template에 불순물이 섞여 있으면 PCR을 억제할 수 있고 그것이 band가 나타나지 않는 원인이 될 수 있으므로 가능한 한 정제하여 사용하는 것이 좋다. 또한 purity를 측정하기 위한 A260의 값에 DNA가 아닌 pyrimidine ring을 가지는 RNA가 영향을 미칠 수도 있기 때문에 DNA를 응집시키는 효과가 있는 isopropanol과 ethanol을 사용하였으며 반복적인 centrifugation에 의해서도 DNA와 RNA의 분리가 조금은 가능했을 것이다.

참고 자료

Weaver, Robert F., 분자생물학(2nd ed.), 라이프사이언스, 2003, pp.74-77, pp.787-790
Klug, William S., Essentials of genetics(5th ed.), 월드사이언스, 2005, pp.213-215