FRI-Col, Col Arabidopsis thaliana cDNA, gDNA sequence 차이 분석을 통한 RNA splicing 고찰
- 최초 등록일
- 2011.07.13
- 최종 저작일
- 2010.09
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목차
1. Abstract
2. Methods
3. Results
4. Discussion
5. Reference
본문내용
FRI-Col, Col Arabidopsis thaliana cDNA, gDNA sequence 차이 분석을 통한 RNA splicing 고찰
1. Abstract
Arabidopsis thaliana는 개화시기에 따라 구분될 수 있다. ecotype이 FRI-Col인 Arabidopsis thalianad는 개화시기가 상대적으로 느리고, ecotype이 Col인 Arabidopsis thaliana 는 개화시기가 상대적으로 빠르다. FRI-Col의 gDNA에서 특정 DNA 서열이 16bp deletion 결과가 Col gDNA임이 밝혀져 있다. 이러한 두 ecotype의 gDNA 차이가 전사 및 splicing 과정 통해 생성된 mRNA 전사체 차이, 즉 gene expression에서는 어떻게 반영되며, 이와같은 현상이 일어나는 원리는 무엇인지 알아보았다. gDNA deletion차이로 인한 splicing 과정의 차이로 발생한 결과임을 결과해석을 통해 알 수 있었다.
2. Methods
2.1 RNA preparation, quantification
e-tube에 Arabidopsis thaliana 100mg을 넣고, 액체 질소에 얼려 pestle로 갈았다. chloroform 100㎕, TRIzol 500㎕를 넣고 원심분리를 하였다. 새 tube에 isopropyl alcohol 200㎕ 를 넣고, 원심분리 한 tube의 상등액 200㎕를 뽑아서 새 tube에 넣었다. 섞은 후 원심분리 하였다. 그리고 EtOH washing 및 건조시켰다. DEPC-DW용액 50㎕로 pellet을 녹여준 후 RNA를 정량했다. DEPC-DW 10.90㎕ 정량한 RNA 7.10㎕ oligo dT 2㎕ 를 넣어주고 나서 10분간 65℃에서 RNA를 denature 시켰다. 얼음에서 2분동안 식혔다.
2.2 Revers transcription
참고 자료
Cooper, G. M., Hausman, R. E. The Cell A Molecular Approach (fifth edition) ASM PRESS, 293-295 (2009).
